Η διαδικασία της ψηφοφορίας με την «Ψηφιακή Κάλπη Ζευς» είναι αδιάβλητη και απόρρητη. 

Με τη χρήση του συστήματος "Ζευς" έχουν χρησιμοποιηθεί έως τώρα πάνω από 10000 ηλεκτρονικές κάλπες με τη συμμετοχή 1560000 ψηφοφόρων για τα Ελληνικά Πανεπιστήμια και άλλους φορείς στην Ελλάδα και το εξωτερικό (Επιστημονικά Σωματεία, Σύλλογοι, κλπ).

Η ακεραιότητα της ψηφοφορίας είναι μαθηματικά επαληθεύσιμη μέσω της χρήσης κρυπτογραφίας και χωρίς καμία προσβολή του απορρήτου. Το ψηφοδέλτιο κρυπτογραφείται αυτόματα στον τοπικό υπολογιστή του ψηφοφόρου, προκειμένου να διασφαλιστεί η μυστικότητα της ψήφου.

Η προστασία του απορρήτου διασφαλίζεται με  την κρυπτογράφηση της ψήφου, και την ανώνυμη μίξη των κρυπτογραφημένων ψηφοδελτίων.

Για την κρυπτογράφηση των ψήφων σε κάθε ψηφοφορία, υπάρχουν πολλαπλά κρυπτογραφικά κλειδιά, οι Κωδικοί Ψηφοφορίας, τα οποία κατέχουν με προσωπική ευθύνη διαφύλαξης τα μέλη της εφορευτικής επιτροπής. Το σύστημα «Ζευς» κατέχει επίσης ένα Κωδικό Ψηφοφορίας σε κάθε ψηφοφορία. Το απόρρητο προσβάλλεται μόνο εάν κάποιος έχει διαθέσιμους ταυτόχρονα τους Κωδικούς όλων των μελών καθώς και αυτόν του συστήματος «Ζευς». Επομένως το απόρρητο είναι πρακτικά εξασφαλισμένο, αφού αρκεί να μείνει ασφαλής ένας και μόνο Κωδικός από όλους.

Για την ανώνυμη μίξη των κρυπτογραφημένων ψηφοδελτίων δεν χρειάζονται κρυπτογραφικά κλειδιά, αλλά παράγεται μια μαθηματική απόδειξη ότι η διαδικασία της μίξης έγινε σωστά χωρίς βλάβη της διαδικασίας. Η μίξη γίνεται σε αυτοδύναμα στάδια, το πρώτο εκ των οποίων το εκτελεί το ίδιο το σύστημα «Ζευς». Στη συνέχεια η εφορευτική επιτροπή αναθέτει είτε στα μέλη της είτε σε οποιονδήποτε άλλο έμπιστο εξωτερικό φορέα να συνεισφέρει επιπλέον στάδια στη μίξη για μεγαλύτερη ασφάλεια. Όπως και με τους Κωδικούς Ψηφοφορίας, το απόρρητο είναι πρακτικά εξασφαλισμένο καθώς αρκεί ένα και μόνο στάδιο από όλα να έχει γίνει σωστά.