Η λειτουργία της ολοκλήρωσης ορίζει τα κριτήρια και έτσι γνωρίζουν οι εκπαιδευόμενοι πότε έχουν ολοκληρώσει ένα μάθημα. Ωστόσο, συχνά είναι επιθυμητή και η έκδοση ψηφιακών πιστοποιητικών (ή βεβαιώσεων) μετά την ολοκλήρωση. Στο Moodle δεν υπάρχει στη βασική εγκατάσταση αυτή η λειτουργία αλλά μπορεί να προστεθεί εύκολα με τη χρήση πρόσθετων (plugins) όπως τα Custom certificate και Workplace course certificate με τα οποία αυτοματοποιείται η όλη διαδικασία. Τα πιστοποιητικά μπορούν να χρησιμοποιηθούν σε ένα μάθημα σε συνδυασμό ή ως εναλλακτική της λειτουργίας ολοκλήρωσης μαθήματος.

Αρχικά οι διδάσκοντες δημιουργούν το πρότυπο του πιστοποιητικού εισάγοντας τις βασικές πληροφορίες, λογότυπα, υπογραφές κ.α.

Αφού σχεδιαστεί το πρότυπο πιστοποιητικό αυτό μπορεί να προστεθεί από τους διδάσκοντες στη σελίδα του μαθήματος. Για την έκδοση του πιστοποιητικού ορίζονται ένα σύνολο κριτηρίων όπως ακριβώς και με την ολοκλήρωση του μαθήματος. Όταν τα κριτήρια ικανοποιούνται μπορούν οι εκπαιδευόμενοι να κάνουν λήψη του πιστοποιητικού σε μορφή αρχείου PDF μέσα από τη σελίδα του μαθήματος.

Τα κριτήρια έκδοσης ενός πιστοποιητικού ορίζονται ανεξάρτητα από αυτά της ολοκλήρωσης και επομένως, όταν αυτά χρησιμοποιούνται μαζί, οι διδάσκοντες θα πρέπει να φροντίζουν ώστε τα κριτήρια και των δύο να ταυτίζονται προκειμένου να μην προκαλέσουν σύγχυση τους εκπαιδευόμενους.